ФК Динамо Ставрополь был основан в 1924 году на базе Всероссийского общества «Динамо», объединявшего спортивные структуры силовых ведомств СССР. К тому времени в Ставрополе было уже создано более десятка различных команд, самой сильной из которых был «Рапид», за который выступали иностранные рабочие из Германии, Венгрии, Румынии, Италии. Постепенно руководство «Динамо» переманило к себе наиболее сильных игроков, и Динамо становится во главе ставропольского футбола.

В 1946 году ставропольское Динамо получает право на выступление в футбольном первенстве СССР, и в 1949 году добивается наивысшего успеха в своей истории, становится чемпионом РСФСР, обыграв в финале горьковское Динамо по результатам трех матчей (1:1, 0:0, 1:0).

В дальнейшем Динамо не добивалось сколь-нибудь значимых успехов – лучшим достижением является 4 место в первой лиге СССР в 1989 году.  После распада СССР ставропольское Динамо начинает сразу же играть в высшем дивизионе российского футбола, в котором продержалось на протяжении трех сезонов. В период с 1995 по 1999 годы Динамо продолжило свои выступления в первой лиге, показав в 1996 году лучший результат в виде пятого места. После пяти лет выступлений в первой лиге, Динамо опустилось во второй дивизион российского футбола, который выиграла в 2004 году, и должна была подняться в первую лигу, но из-за финансовых проблем не смогла этого сделать.

В итоге, финансовая нестабильность привела к тому, что в 2009 году ставропольское Динамо исключается из состава ПФЛ. В Ставрополе появляются две новые команды под названием «Ставрполь» и «Ставрополье – 2009», каждая из которых считает себя преемницей Динамо.  В дальнейшем идет настоящая неразбериха с образованием и ликвидацией футбольных клубов, в результате которой снова появляется команда Динамо «Ставрополь», получившая место клуба «Динамо-ГТС» в первенстве  ПФЛ 15/16.

Следует упомянуть еще об одном футбольной клубе под названием «Ставрополь», который был создан в 2005 году. Команда сумела подняться в зону «Юг» второго дивизиона, в котором в 2009 году заняла второе место, но уже в 2010 году команда утратила профессиональный статус и более не принимает участия в профессиональных турнирах.